特にお直ししたくなくて根元だけジェルを足すとき

は、サンディングで徹底的に摩擦を作ります。現存のジェルの根元部分がぽっこりしているときは、ジェルから爪の生え際にかけて、スキーの初心者用コースのように滑らかにしておきます。
また甘皮は持論ではあまりいじりたくない部分ですが、ジェルがかかる可能性を考えると押し込んでおいた方が無難でしょう。